پزشکی پیشگیری تغذیه خواص گیاهان دسته‌بندی نشده روان شناختی زیبایی ورزش

توالی ویروسی می تواند نحوه گسترش و تکامل SARS-CoV-2 را نشان دهد

SARS-CoV-2 ، COVID-19

میکروگراف الکترونی عبوری ذرات ویروس SARS-CoV-2 ، جدا شده از بیمار. تصویر گرفته شده و در مرکز تحقیقات مجتمع NIAID (IRF) در فورت دتریک ، مریلند ، رنگ آمیزی شده است. اعتبار: NIAID

کتیا کوئل ، استادیار زیست شناسی در دانشگاه اموری می گوید ، ظهور انواع ویروس SARS-CoV-2 که در نبرد با COVID-19 پیچ و تاب ایجاد می کند ، لزوم نظارت بهتر ژنومی بر ویروس را برجسته می کند.

کوئل می گوید: “نظارت دقیق ژنومی SARS-CoV-2 در سراسر ایالت ها واقعاً به ما کمک می کند تا درک کنیم چگونه ویروس عامل همه گیری در ایالات متحده تکامل یافته و گسترش می یابد.” “بودجه بیشتری از سوی فدرال همراه با استانداردهای متمرکز برای جمع آوری نمونه و تعیین توالی ژنتیکی مورد نیاز است. محققان برای ردیابی بهتر نحوه انتشار ویروس از نظر جغرافیایی و شناسایی انواع جدیدی که ممکن است کنترل آن را دشوار کند ، به چنین فراداده هایی نیاز دارند. مقامات بهداشتی می توانند سریعتر و موثرتر پاسخ دهند. “

Koelle تأثیر متقابل بین تکامل ویروس و گسترش اپیدمیولوژیک بیماریهای عفونی ویروسی را مطالعه می کند. او نویسنده ارشد مقاله “دیدگاه” است که به تازگی در ژورنال منتشر شده است علوم پایه در اهمیت تعیین توالی SARS-CoV-2 برای کنترل بیماری همه گیر COVID-19 – سایپرز ، باشگاه دانش

مایکل مارتین ، دکترای تخصصی دانشجوی برنامه Emory’s Population، Biology and Ecology و عضو آزمایشگاه Koelle ، اولین نویسنده مقاله Science است. دیوید وان اینسببرگ ، دانشجوی دکترا در آزمایشگاه Koelle ، نویسنده مشترک است.

مارتین می گوید: “تحقیقات در مورد SARS-CoV-2 با سرعت برق در حال انجام بوده است.” “این تسریع یکی از بزرگترین مجموعه های داده را دارد که به سرعت برای یک بیماری جمع شده است. ما تاکنون چیزهای زیادی در مورد نحوه انتشار و سازگاری این ویروس آموخته ایم ، اما هنوز نقاط کور بسیاری داریم که باید برطرف شوند.”

این مقاله خلاصه بینش های کلیدی در مورد SARS-CoV-2 است که قبلاً با توالی ژنوم آن از نمونه های منفرد بیمار بدست آمده است. همچنین چالشهای باقی مانده از جمله جمع آوری و ادغام فراداده در آنالیزهای ژنتیکی و نیاز به توسعه روشهای محاسباتی کارآمدتر و مقیاس پذیرتر برای اعمال صدها هزار ژنوم را ذکر می کند.

ژنوم ماده ژنتیکی ارگانیسم است. ژنوم های انسانی از DNA دو رشته ای ساخته شده است که با چهار حرف مختلف نوکلئوتیدی رمزگذاری شده است. یک ژنوم منفرد انسانی از بیش از 3 میلیارد جفت باز تشکیل شده است. در مقابل ، ژن ویروس های کرونا ، از جمله SARS-CoV-2 ، از RNA ساخته شده است که می تواند ساختار ساده تری نسبت به DNA داشته باشد. به عنوان مثال ژنوم SARS-CoV-2 از یک رشته RNA منفرد تشکیل شده است که فقط 30 هزار حرف طول دارد. تعیین توالی تکنیکی است که خوانایی از این حروف را فراهم می کند.

اگر ویروس SARS-CoV-2 در نمونه ای از بینی یا دهان فرد برداشته شود ، احتمال وجود فرد در انتقال ویروس را تأیید می کند ، خواه دارای علائم COVID-19 باشد یا نه. ویروس موجود در نمونه را می توان توالی یابی کرد.

کوئل توضیح می دهد: تعیین توالی ویروس مانند انگشت نگاری است. “و بر اساس اینکه انگشتان بین نمونه ها چقدر مطابقت دارند – یعنی از نظر ژنتیکی چقدر به هم نزدیک هستند – می توانید بعضی اوقات یاد بگیرید چه کسی چه کسی را آلوده می کند. تجزیه و تحلیل توالی از نمونه های گرفته شده از افراد آلوده در یک منطقه خاص با گذشت زمان می تواند حتی اطلاعات بیشتری را ارائه دهد “

تجزیه و تحلیل داده های تعیین توالی SARS-CoV-2 محققان را قادر به تخمین زمان شیوع SARS-CoV-2 به انسان کرده است. شناسایی برخی از مسیرهای انتقال در گسترش جهانی آن ؛ میزان عفونت و چگونگی تغییر آنها در یک منطقه را تعیین کنید. و ظهور برخی از انواع جدید نگرانی را شناسایی کنید.

ژنوم های ویروسی می توانند در هنگام تکثیر جهش یافته و حروف را تغییر دهند زیرا به افراد جدید گسترش می یابد. اکثر این جهش های تصادفی احتمالاً در انتقال یا حدت ویروس تاثیری نخواهند داشت – اما تعداد کمی از آنها ممکن است مبارزه را حتی دشوارتر کند. به عنوان مثال شواهد اولیه حاکی از آن است که یک نوع SARS-CoV-2 که اخیراً در انگلستان پدید آمده است ، ممکن است به راحتی منتقل شود و بالقوه شدیدتر باشد. یک نوع آفریقای جنوبی علائمی را نشان می دهد که ممکن است اثر واکسن های موجود را کاهش دهد ، در حالی که یک واریانت برای اولین بار در برزیل نیز حاوی جهش هایی است که مقامات بهداشت نگران هستند ممکن است باعث گسترش سریع ویروس شود.

مارتین توضیح می دهد: “تشخیص اینکه کدام یک از عوامل تغییر در ویروس ، گسترش و ایجاد بیماری به دلیل عوامل مخلوط کننده هستند ، دشوار است.” “به عنوان مثال اگر یک نوع سریعتر گسترش یابد ، شما مجبور هستید که جدا کنید که آیا این به دلیل انتقال بیشتر آن بوده است یا کسی که به آن آلوده باشد در یک اجتماع بزرگ شرکت می کند.”

وی اضافه می کند ، هرچه داده های بهتری داشته باشند ، سریعتر می توانند چنین معماهایی را حل کنند.

پیشرفت های فن آوری طی سال های اخیر ، تولید داده های توالی را کارآمدتر و هزینه کمتری کرده است. به سختی یک سال پس از ظهور ، بیش از 400000 توالی SARS-CoV-2 اکنون در پایگاه های داده عمومی در دسترس است ، مانند پلت فرم GISAID که در سال 2008 برای اشتراک اطلاعات بین مراکز ملی آنفلوآنزا برای سیستم نظارت و پاسخ جهانی آنفلوآنزا در WHO راه اندازی شد. .

کوئل خاطرنشان می کند: “بخش بزرگی از داده های توالی عمومی برای SARS-CoV-2 از انگلستان بیرون آمده است.” “این بدان دلیل است که دولت انگلیس ابتکاری برای نمونه برداری با تراکم بالا از ژن SARS-CoV-2 دارد.”

مجموعه داده های غنی از انگلستان به شناسایی ظهور نوع مختلفی که به سرعت در حال گسترش است کمک کرد. کوئل می گوید: “ممکن است انواع دیگری از نگرانی به غیر از مواردی که قبلاً شناسایی شده است ، در سایر نقاط جهان وجود داشته باشد ، اما ما فقط نمی دانیم زیرا نظارت کافی در آن مکان ها نداریم.”

“در حالی که ایالات متحده در تعیین توالی SARS-CoV-2 از نمونه ها در سراسر کشور کند عمل کرده است ، چندین تلاش عالی برای تعیین توالی ویروس و آنالیزهای فیلوژنتیک وجود دارد که عمدتا توسط محققان دانشگاهی انجام می شود و به درک SARS-CoV-2 کمک کرده است. انتقال بیشتر به صورت محلی ، “Koelle می گوید. “ما در ایالات متحده تخصص داریم ، اما تلاش های بیشتر جزئی است.”

مارتین می گوید: “ما برای انجام تعیین توالی گسترده SARS-CoV-2 در ایالات متحده به یک برنامه هماهنگ و استاندارد ملی نیاز داریم.” “بیشتر داده های جمع آوری شده اکنون فقط دارای شناسه حالت هستند اما ما به وضوح بیشتری نیاز داریم ضمن اینکه از حریم خصوصی بیمار محافظت می کنیم. به عنوان مثال شناسه های بیشتر در سطح شهرستان یکی از راه های بهبود کیفیت و عمق داده ها است.”

پس از ابتلا به بیماری همه گیر COVID-19 ، ادامه ساخت زیرساخت ها و سیستم های ملی برای نظارت بر بیماری های عفونی – از جمله تعیین توالی ویروس – و حفظ آن در جایگاه مهم ، هر دو محقق تأکید می کنند.

مارتین می گوید: “موارد همه گیر بیماری های عفونی بیشتر خواهد بود و ما باید آمادگی بیشتری داشته باشیم.”


آخرین اخبار شیوع ویروس کرونا (COVID-19) را دنبال کنید


اطلاعات بیشتر:
MA Martin el al.، “Insights from SARS-CoV-2 sequences،” علوم پایه (2020) science.sciencemag.org/cgi/doi 26 1126 / science.abf3995

تهیه شده توسط دانشگاه اموری


استناد: توالی ویروسی می تواند چگونگی گسترش و تکامل SARS-CoV-2 را نشان دهد (2021 ، 28 ژانویه) در تاریخ 29 ژانویه 2021 از https://medicalxpress.com/news/2021-01- ویروس .html

این برگه یا سند یا نوشته تحت پوشش قانون کپی رایت است. جدا از هرگونه معامله عادلانه با هدف مطالعه خصوصی یا تحقیق ، هیچ بخشی بدون اجازه کتبی قابل تولید نیست. محتوای مذکور فقط به هدف اطلاع رسانی ایجاد شده است.

READ  از دانشگاه ها می توان به دلیل مخلوط کردن ژن سرطان شکایت کرد